La lagune de Bacalar ne possède ni rivières, ni affluents, ni débouché vers la mer — ses sept nuances distinctes de turquoise et de cobalt sont entièrement alimentées par des cénotes remontant à travers le socle calcaire. Les Espagnols l'ont appelée Laguna de Siete Colores au XVIe siècle, bien que les Mayas aient nommé la colonie Sian Ka'an Bakhalal, « lieu où le ciel naît », des siècles plus tôt. La colonne d'eau se stratifie selon la température et la densité minérale, chaque thermocline réfractant la lumière à une longueur d'onde différente. Le résultat est un gradient si net que les marins rapportent passer du jade pâle au bleu nuit en l'espace d'un coup de pagaie. Les excursions en ponton sont devenues le modèle d'accès emblématique de la lagune au début des années 2010, remplaçant les bateaux à moteur plus étroits qui soulevaient les sédiments et fragmentaient les colonies de stromatolithes bordant la rive ouest. Ces microbialites — structures en couches construites par des cyanobactéries sur plus de trois mille ans — forment des récifs vivants qui comptent parmi les plus anciennes formations biologiques de Mésoamérique. Les opérateurs d'excursions en bateau ponton à Bacalar suivent désormais des canaux balisés qui contournent les zones de stromatolithes, s'arrêtant à des points de baignade désignés où le fond du lac descend à quinze mètres et la visibilité dépasse les vingt mètres. Le bassin sud de la lagune, connu sous le nom de Cenote Negro, plonge à quatre-vingt-dix mètres, ses parois drapées de racines d'arbres submergées que les plongeurs décrivent comme des cathédrales inversées. Les voiliers de groupe et les pontons motorisés partagent les mêmes quais de départ le long de l'Avenida Costera, chaque navire étant configuré pour accueillir de huit à vingt passagers. La plupart des excursions en bateau sur la lagune de Bacalar incluent un arrêt au Cenote Esmeralda, une dépression peu profonde où la température de l'eau grimpe à quatre degrés au-dessus de la moyenne ambiante, et au Cenote Cocalitos, où les nageurs flottent au-dessus de dômes de stromatolithes visibles à deux mètres sous la surface. Un service de bar ouvert — généralement rhum, bière et agua fresca — est disponible tout au long du circuit, accompagné de fruits de saison coupés à l'embarquement. La lagune opère sous un statut de protection environnementale fédérale depuis 2020, limitant le nombre de navires quotidiens et imposant l'utilisation de crème solaire biodégradable dans toutes les zones de baignade. Les créneaux de départ se situent entre huit et dix heures du matin, lorsque l'eau est calme et que l'angle de la lumière sépare les bandes de couleur avec un contraste maximal. À la mi-journée, le vent se lève d'est en ouest, aplatissant le gradient en un seul bleu laiteux.