La lagune de Bacalar présente sept nuances de bleu distinctes, chacune dépendant de la profondeur, du substrat et du carbonate de calcium qui se dépose sur son bassin calcaire. Ce phénomène a valu à la voie navigable son nom colonial — Laguna de los Siete Colores — bien que le spectre visible depuis un bateau puisse compter plus d'une douzaine de teintes selon l'angle du soleil et la saison. La lagune s'étend sur quarante-deux kilomètres du nord au sud, alimentée par des cénotes souterrains qui maintiennent la salinité proche de zéro et la visibilité régulièrement au-dessus de trente mètres. Les chroniqueurs espagnols arrivant au XVIe siècle ont noté la ville fortifiée perchée au-dessus de la rive orientale, une position défensive qui surplombait à la fois la lagune et la route commerciale reliant la côte caraïbe aux établissements mayas de l'intérieur. Aujourd'hui, la lagune reste l'un des plans d'eau douce les moins développés de la péninsule du Yucatán, ses rives protégées par une combinaison de désignation fédérale et le rythme lent de l'infrastructure régionale. Des charters de voile privés à Bacalar opèrent à partir d'une poignée de points de lancement le long des périmètres ouest et sud, la plupart étant des entreprises familiales qui entretiennent de petites flottes de bateaux pontons, de catamarans et de voiliers à coque simple. Le Cenote Azul et le Cenote Coquitos se trouvent dans les limites de la lagune, leurs gouffres submergés plongeant à plus de quatre-vingt-dix mètres sous la surface et offrant des points d'entrée dans le système aquifère de la région. Les stromatolithes — des colonies vivantes de cyanobactéries datant de plus de trois milliards d'années — se regroupent dans les bas-fonds du sud près du canal des pirates, un passage étroit qui reliait autrefois la lagune à la baie de Chetumal et servait de repaire aux boucaniers des Caraïbes jusqu'au XVIIe siècle. Une excursion privée en bateau à Bacalar permet d'ajuster l'itinéraire et la durée en fonction des conditions de vent et de la lumière du jour. Les départs matinaux font généralement le tour vers le nord en passant devant les mangroves de l'île aux Oiseaux, puis retournent vers le sud à travers les zones de dégradé où la profondeur passe de trois mètres à vingt en une longueur de bateau. Les charters de l'après-midi privilégient les criques abritées le long de la rive ouest, où les sources submergées créent des poches d'eau froide et la forêt riveraine vient à portée de main du plat-bord. L'absence de circulation motorisée dans les zones de conservation désignées maintient le bruit des moteurs à un faible niveau et permet de longues périodes de dérive au-dessus des champs de stromatolithes, où les passagers peuvent observer les formations incrustées de minéraux à travers l'eau cristalline sans perturber les fragiles tapis microbiens sous-jacents.