Der Name leitet sich vom Yucatec-Maya-Begriff B'ak Halal ab, was "von Schilf umgeben" bedeutet, obwohl die Uferlinie heute ebenso durch private Balnearios und Holzstege wie durch Mangrovenkorridore definiert ist, die noch immer die nördlichen Untiefen bewachen. Spanische Kolonisten bauten 1733 das Fuerte de San Felipe, um die Lagune vor englischen Piraten zu schützen, die die miteinander verbundenen Wasserwege nutzten, um Rotholz und versklavte Maya-Arbeiter nach Belize zu schmuggeln. Das Fort bleibt das markanteste Wahrzeichen der Stadt, doch das Wasser selbst ist der Grund für den Besuch der Gäste.
Die Lagune verdankt ihre Farbpalette eher der unterschiedlichen Tiefe und Sedimentzusammensetzung als Algen oder Reflexionen. Flache Sandbänke leuchten in der Mittagssonne türkis. Kanäle, die durch den Einsturz antiker Cenoten entstanden sind, fallen bis zu sechzig Meter ab und wirken von oben wie Indigo. Der Verlauf zwischen diesen Zonen erzeugt die Streifenbildung, die Reiseführer als die sieben Farben bezeichnen, auch wenn sich die Zahl je nach Wolkendecke und Jahreszeit ändert. Bacalar-Bootstouren steuern das gesamte Spektrum an und legen Stopps an markanten Stellen ein, an denen der Übergang am deutlichsten sichtbar ist. Die Cenote de la Bruja liegt in der Nähe der Lagunenmitte, ein perfekt kreisförmiges Sinkloch, das von Seilschaukeln und untergetauchten Baumwurzeln gesäumt ist. Die Cenote Esmeralda liegt näher am südlichen Ufer; ihr blassgrüner Boden ist eine Mischung aus Kalksand und mineralisierten Abflüssen.
Stromatolithen gruppieren sich entlang des östlichen Randes der Lagune und gehören zu den ältesten lebenden Organismen der Erde. Diese geschichteten mikrobiellen Strukturen wachsen weniger als einen Millimeter pro Jahr und repräsentieren eine der wenigen verbliebenen Populationen außerhalb von Westaustralien. Sie erscheinen als dunkle, faustgroße Hügel knapp unter der Wasserlinie, und die meisten Anbieter von Bacalar-Bootstouren setzen eine Ankerverbotszone durch, um Schäden zu vermeiden. Die mexikanische Regierung erklärte das Gebiet 2007 zum Naturschutzgebiet, obwohl die Durchsetzung uneinheitlich bleibt. Morgenabfahrten zwischen 08:00 und 11:00 Uhr bieten das ruhigste Wasser und das geringste Verkehrsaufkommen, besonders an Wochentagen, wenn weniger private Boote auf der Lagune unterwegs sind. Gegen Mittag glättet sich die Oberfläche zu einem Spiegel, und am späten Nachmittag erwärmen sich die Flachwasserbereiche so stark, dass Schwimmen weniger erfrischend als notwendig wird. Sonnenuntergangstouren starten gegen 17:00 Uhr und kehren im Dämmerlicht zurück, wobei die Sichtbarkeit zugunsten der Farbtemperatur aufgegeben wird, während das Wasser von Cyan zu Violett wechselt.
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